本院於民國88年8月1日奉教育部核准成立，為全國首創且組織最完整之獸醫學院。本院的前身可追溯至民國47年成立畜牧獸醫學系(二年後改為畜牧系)，民國59年恢復畜牧獸醫學系並分為畜牧組、獸醫組，民國63年正式分獸醫學系及畜牧學系二系招生，69年為臨床教學需要成立家畜醫院，83學年度成立獸醫微生物學研究所，84年家畜醫院更名為獸醫教學醫院，87學年度成立獸醫病理學研究所，92學年度成立獸醫公共衛生學研究所及動物疾病診斷中心，97學年獸醫病理學研究所更名為獸醫病理生物學研究所，98學年度獸醫微生物學研究所及獸醫公共衛生學研究所整併為微生物暨公共衛生學研究所。

獸醫學院目前計有獸醫學系、獸醫病理生物學研究所及微生物暨公共衛生學研究所三個教學研究單位，與獸醫教學醫院及動物疾病診斷中心二附屬單位。教學方面大學部以臨床教學為導向，以配合現代社會發展需求，著重學生對伴侶動物、經濟動物的醫療能力訓練，同時也加強人畜共通疾病、分子生物及實驗動物領域之研究。而本院鼓勵教師組合成教學研究群，由具相關專長的老師共組課程教學群，共同分擔所有必修課程的教學任務，各研究所的老師也參與獸醫系必修課程的授課，藉此形成多個授課團隊並可進行合作交流計劃，期使學生能有效率吸收各專業師資的專門知識與研究經驗，以達成培養具誠樸精勤精神之動物臨床醫學、動物預防醫學、動物基礎醫學人才為目標。

獸醫學院除培養優秀動物醫學人才外，並持續強化各附屬單位之功能，獸醫教學醫院及動物疾病診斷中心之運作與全院師生緊密配合，使教學研究更為完善，提昇國內動物醫療與研究之實力，以達國際水準。